Στο Εργαστήριο Εφαρμοσμένης Γεωφυσικής έχουν εκπονηθεί ή εκπονούνται 64 ερευνητικά προγράμματα. Σε 38 από αυτά ο καθηγητής Αντ. Βαφείδης διευθυντής του εργαστηρίου ήταν επιστημονικός υπεύθυνος του προγράμματος  και σε 2 προγράμματα συντονιστής των συμμετεχόντων φορέων .